时光飞逝，当年的小飞侠彼得·潘（Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰）已长大成人，成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂（玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰）的孙女结婚，并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨，其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份，以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。 在带着妻儿探望祖母的路上，邪恶的铁钩船长（Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰）竟然再次出现，并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措，为了拯救孩子，他必须尽快找回小飞侠的身份，回到梦幻岛与宿敌决一雌雄……©豆瓣

在上一集中大显神威的特工头子奥古斯塔斯（塞缪尔•杰克逊SamuelL.Jackson饰）这次遇到了大麻烦，他和武器专家托尼在国家安全局的地下指挥中心竟遭到杀手追杀。奥古斯塔斯怀疑这些杀手是被政府内部激进分子指派，蓄意颠覆国家政权，于是他希望物色一名合适的特工戳穿害群之马的险恶阴谋。最后，奥古斯塔斯找到了最佳人选前特种兵戴瑞斯（艾斯•库珀IceCube饰），他因殴打上级军官现在正被军警监禁。奥古斯塔斯想方设法帮助戴瑞斯越狱成功，并说服他接受了这一国家重任。于是，戴瑞斯开始行动了！

圣诞节临近，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默DavidSchwimmer配音）以及河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）决定正式告别马达加斯加，回到久违的纽约共度佳节。冷冷清清的送别晚会没能熄灭它们归去的热情，好伙伴们燃起热气球正式出发，可是却被狐猴王朱利安当作红色妖盗击落下来。不久，真的红色妖盗出现夜空，混乱之中亚历克斯阴差阳错将其打落，结果却发现所谓的红色妖盗竟然是圣诞老人！倒霉的是圣诞老人被砸失忆，为了不让全世界小朋友失望，亚历克斯他们和企鹅帮决定充当圣诞老人的助手，将礼物送到世界每一个角落。

保罗·坎普（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）是个失意的纽约作家，他来到波多黎各一家不景气的报社当记者，过起醉生梦死的生活。他在旅馆遇见性感美艳的切诺特（艾梅柏·希尔德 Amber Heard 饰），立刻被她吸引。地产大亨桑德森（艾伦·艾克哈特 Aaron Ec khart 饰）雇佣坎普写广告，并为他提供了丰裕的金钱与物质。坎普发现切诺特竟是老板的女人，却还是无法控制地爱上了她。桑德森安排坎普陪伴切诺特，坎普经受住美色的诱惑，拒绝与她一起私奔。他们来到一座岛上考察房产，在酒会上，喝醉的切诺特和当地男子热舞，让桑德森大怒。第二天，桑德森宣布与坎普终止合作，并将切诺特赶出家门。坎普收留了切诺特，并决心写出桑德森房产黑暗交易的内幕，但是出版社拒绝出版。他和朋友在集市斗鸡赚了一笔大钱，当他们拿着钱回来准备自己动手印刷文稿，却发现出版社早已被拍卖，人去楼空。坎普没有放弃自己的追求。回到纽约，他成功揭露了桑德森，成为一名记者，与切诺特幸福地生活在一起。