2000年血腥除夕夜，贤知（唐泽寿明 饰）一派拼尽全力阻挠“朋友”的人类灭绝计划，但他们的反抗以失败告终。是夜过后，贤知一派被诬为屠杀人类的恐怖分子，而“朋友”则堂而皇之成为了救世主，为万众膜拜和敬仰。
　　2015年，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨 饰）已成长为特立独行的青春女孩，她十分反感教科书对舅舅的污蔑，经常和老师发生争论。最终，校方决定将她和另一位曾对血腥除夕夜提出质疑的女孩小泉响子（木南晴夏 饰）送入“朋友乐园”。与此同时，曾在“朋友乐园”接受改造的异装癖男子偶然得知“朋友”的秘密，被警方杀害。目睹这一幕的神乃决定进入“朋友乐园”一探究竟。
　　另一方面，新的万国博览会将在日本召开，罗马教宗亦会在此时造访日本。被关在萤火虫集中营的阿区（丰川悦司 饰）越狱而出，贤知一派幸存的同志们纷纷聚首。在这个暗潮汹涌的时刻，人类的命运将再次改写……
　　本片根据浦泽直树同名漫画改编。
　　（影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准）

吞食星体的外星巨物破空而来，地球的命运岌岌可危。人类被迫进入地下城生活，不愿像蝼蚁一样生存的人类经历了二十年制造出了反击巨物的终极武器。但在决战之日到来之前，巨物提前察觉到了危机，人类地下城遭到了破坏，而反击的唯一机会，此时就把握在了一个憎恨人类的少年手中，他是否能放下仇恨，拯救人类……

1845年，尚年幼的维克多与詹姆斯兄弟俩在长辈之间一场突如其来争执中唤醒了自身的潜能，詹姆斯情急之下将陌生的生父杀死，自此兄弟两人流落战场，他们凭借不死不衰之身和野兽一般的天赋在各个时代的战争中大开杀戒，直到遇见史崔克少校并加入了他的异能人特殊部队。詹姆斯（休·杰克曼HughJackman饰）很快厌倦了对弱势者的杀戮，离开了团队和维克多（列维·施瑞博尔LievSchreiber饰），与女友凯拉隐居在山林中，做了一名伐木工人。六年后，詹姆斯惊闻昔日的超能力队友纷纷被杀害，而杀手正是哥哥维克多，不久连凯拉也遭其毒手，愤怒的詹姆斯与史崔克合作，将自己的身体改造，成为钢筋铁骨的“金刚狼”。金刚狼摆脱军方控制后，发誓要杀死维克多和史崔克为凯拉报仇……

　　为了调查双胞胎哥哥孙小糊的失踪，孙小涂参加了警队的招新考试，却在考试现场卷入警察局长遇刺事件，幸好有一直以灵魂形态存在的哥哥相助才脱险。而局长遇刺事件也牵扯出以著名脑科医生毕安为首的犯罪集团，他们通过移植承载灵魂的虫体实验，企图控制社会高层，从而掌控城市。这个阴谋被小糊以及女友夏冰警督撞破，小糊失踪之谜也随之解开。因为虫体移植会出现吞噬反应，进行了虫体植入手术的小糊和小涂只能活一个，面对毕安的要挟，小涂选择自杀来复活小糊，却被小糊抢先一步射杀了自己的身体来保全小涂。

　　公元2500年，地球两极冰川大量消融，地球成了一片汪洋。人们只能在水上生存，建起了水上浮岛，泥土成了稀有之物。
　　一天，来了一个孤独的海行者（凯文•科斯特纳 Kevin Costner 饰），他用了一罐泥土换了淡水和番茄苗。正当他要离开时，当地人发现他竟然长着鳃和蹼，认为他是怪物，把他关了起来，准备过两天将他处死。
　　时日，海盗袭击了浮岛，海伦（珍妮•特里普里霍恩 Jeanne Tripplehorn 饰）和她的养女伊萝娜（蒂娜•米乔里诺 Tina Majorino  饰）没能赶上出逃的救生船，她们救出了海行者。海行者凭着过人的机智和勇敢，带着海伦和依蒙娜逃了出来。
　　原来，海盗的目标只是伊萝娜，依蒙娜的身世藏着一个惊人的秘密……

2018年，天网系统与人类的战争使世界陷入了末世般的境况，反抗军精神领袖约翰·康纳（克里斯蒂安·贝尔ChristianBale饰）带队执行一次任务的过程中获得了战胜天网的新思路，而天网系统适时推出了新的目标排名，康纳位居次席，榜首上康纳此时尚年青的父亲凯尔·瑞斯赫然在列。与此同时，一名遗忘了自身过去经历的强壮男子马库斯（萨姆·沃辛顿SamWorthington饰）出现在洛杉矶的废墟中，他与反抗军战士瑞斯偶然结识，并组队前往反抗军总部，不料途中遭机械人袭击，瑞斯被俘。落单的马库斯经由反抗军女战士布莱尔引路，迎来了与康纳命中注定的相遇，但人与机械的对立让康纳不得不视对方为敌人……瑞斯在天网中心生死未卜，同时反抗军高层不肯推迟强行进攻计划，留给康纳的时间不再充裕，他只能选择进行一场赌上性命与荣誉的潜入行动。