科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……

在一座与世隔绝的小岛上，生活着种类繁多且快乐无忧的小鸟。不过他们中间总有异类存在，比如离群索居的胖红（杰森·苏戴奇斯 Jason Sudeikis 配音），孤儿出身且有些另类的怪异容貌让他成为其他鸟儿嘲笑和奚落的对象。久而久之，胖红也养成了促狭易怒的性格。在被法官判处参加情绪管理课程期间，他结识了速度极快的飞镖黄（乔什·加德 Josh Gad 配音）和一不小心便会引起爆炸的炸弹黑（丹尼·麦克布耐德 Danny McBride 配音）。三个怪胎由此闹出不少的笑话。未过多久，神秘的绿猪莱纳德（比尔·哈德尔 Bill Hader 配音）带着手下来到小岛，他们展现出友善的面孔，可又仿佛在暗中策划这什么。
　　岛上只有胖红对绿猪的到来充满戒备，而他的担忧也很快得到了验证…

希腊哲学家柏拉图曾经在公元前360年两度在他的著作【对话录】提及亚特兰提斯这个文明——“在一个分不清楚昼夜的晚上，亚特兰提斯沉入了深海。”
　　1914年华盛顿的市立博物馆里，年轻的男主角迈罗是一位语言学家，对于亚特兰提斯的传说深信不已。迈罗希望自己能像祖父一样成为一位伟大的探险家。在得不到博物馆的资金赞助下，突然出现一位祖父生前怪怪的好友愿意提供迈罗资金，让他去探索亚特兰提斯存在的真假。
　　迈罗领着专家组成最顶尖的探险队，出发前往深海寻找亚特兰提斯城。万万没想到，亚特兰提斯人居然仍然生活在地底的世界里。在亚特兰提斯的国度里，迈罗与探险队见到了亚特兰提斯二万岁高龄的国王以及八千五百岁的姬妲公主，他们对亚特兰提斯文明的未来感到忧虑，公主希望探险队可以帮助她的王国重新找回动力。不料整支探险队伍除了迈罗之外全都心怀不轨，他们全是为了金钱财富而来。

在距离地球15光年的外太空，科技昌明的Baab星上生活着一群爱好和平的蓝色小人。其中斯科奇（布兰登·费舍 Brendan Fraser 配音）是该星球一个勇猛果敢、正义感十足的超级英雄，他经常驾驶超新星-9号飞船穿梭宇宙，在BASA总部他的兄弟盖里（罗伯·考德瑞 Rob Corddry 配音）的指挥下，一次次圆满完成营救受困外星人的任务。这一日，刚回家不久的斯科奇被BASA负责人莉娜（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 配音）命令即刻前往黑暗星球——地球执行救援任务。担心兄弟的安危，盖里与执意前行的斯科奇发生争吵。在全Baab星人民的注视下，斯科奇成功抵达著名的51区，结果却被夏克尔将军（威廉·夏特纳 William Shatner 配音）为首的军方抓获。
　　为了救回最亲密的兄弟，一向谨小慎微的盖里不得不踏上凶险的征途，而这一切背后的阴谋也悄悄浮出水面……

某晚，中央城爆发激战，闪电侠巴里·艾伦（贾斯汀·钱伯斯 Justin Chambers 配音）和超人、蝙蝠侠、戴安娜、绿灯侠等正义联盟的伙伴们与来自25世纪的急速教授及其爪牙镜子大师、陀螺、速冻队长你来我往，最终将这群恶棍绳之于法。分别时刻，急速教授的一番话触动巴里心底最敏感的地方。在此之后，似乎一切都发生变化。他一觉醒来，发现无赖帮们继续为非作歹，自己则意外丧失了变身闪电侠的能力，更令他出乎意料的是本应在童年被盗贼杀害的母亲竟然活着出现在他面前。全世界仿佛也天翻地覆，戴安娜率领的亚马逊人以及亚特兰蒂斯阴谋毁灭世界，布鲁斯死去，他的父亲托马斯·韦恩则以粗暴的蝙蝠侠身份出现。