在一座与世隔绝的小岛上，生活着种类繁多且快乐无忧的小鸟。不过他们中间总有异类存在，比如离群索居的胖红（杰森·苏戴奇斯 Jason Sudeikis 配音），孤儿出身且有些另类的怪异容貌让他成为其他鸟儿嘲笑和奚落的对象。久而久之，胖红也养成了促狭易怒的性格。在被法官判处参加情绪管理课程期间，他结识了速度极快的飞镖黄（乔什·加德 Josh Gad 配音）和一不小心便会引起爆炸的炸弹黑（丹尼·麦克布耐德 Danny McBride 配音）。三个怪胎由此闹出不少的笑话。未过多久，神秘的绿猪莱纳德（比尔·哈德尔 Bill Hader 配音）带着手下来到小岛，他们展现出友善的面孔，可又仿佛在暗中策划这什么。 岛上只有胖红对绿猪的到来充满戒备，而他的担忧也很快得到了验证…
奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。 “回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……
