该片主要讲述了明初年间，阴兵再现，锦衣卫徐礼（林枫松饰）受亲王指派前往寒山寺查看阴虎符异象，探求真相过程中结识了珈蓝族少女优昙（廖慧佳饰）、寒山寺住持相缮，携手与东瀛魔神凛太郎势力斗智斗勇，进而发生的一系列离奇诡谲的奇幻故事。
白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
百年前仙魔大战万兽屠城，仙剑门祖师爷与魔族首领幽皇大战七天七夜，最终以幽皇惨败逃走告终。 百年后，张之霖成为仙剑新掌门，以能斩杀魔王的紫青双剑为饵引幽皇现身，却发现镇上邪尸横行，女人全都离奇失踪。 仙剑门御剑下山救助百姓，意外撞破魔族以蛊害人，幽皇吸食女人精魄练就神功的阴谋。 为斩尽邪魔拯救苍生，仙剑门布下天罡北斗阵迎战魔族入侵，张之霖携掌门夫人向复仇而来的幽皇发起了最后的反击！
