一个神秘的军事组织，通过改变基因将普通人改造为体能、反应和速度都远远高于常人的生物武器，并将它们贩卖给黑帮组织。强风（安志杰饰）就是其中的一员，可是，善良的他并不愿意助纣为虐，而是选择逃离了组织的控制，化身为惩恶扬善的“黑侠”，在世界各地弘扬正义。军事组织的首领宙斯得知了强风逃跑的消息，派出了冷血残酷的杀手梁，想要将强风捉拿归案。与此同时，一位疯狂的科学家企图将人类和动物的基因结合在一起创造出新的物种，结果可想而知，他得到的是一群半人半兽的怪物。科学家得知强风的血液能够帮助他走出研究的困境，于是亦对强风展开了追捕。
白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
大悟与麗奈的兒子翼在一次飛機測試的途中回到了古代，并被一幫村民救起。企圖支配黑暗的杜古馬、大達拿和我龍操縱怪獸佐蒙多展開襲擊村落的計劃。翼和村民準備對抗怪獸的入侵…… 一面倒防守的村民的身邊出現了一位旅途中的勇士馬巴，他手持的青銅製Sparklance令翼覺得很面善，認為這就是令其父親大悟變身成巨人Sparklance，當他拿起這東西集中精神後，竟變身成為超人迪加！但身材不高又沒有能量，所以不能打敗怪獸，而且能量不足很快就變回人。 黑暗魔神杜古呼終於醒來了，與怪獸一起襲擊村落……翼難道不是光之巨人的傳人？那真正的傳人究竟會是誰？光之巨人最終能否復活……
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