位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森林。但是，与这个具有赋予生命能力的传奇精灵并列的，还有一个能够带来死亡的可怕精灵。　　全新的冒险就此展开…

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……
　　本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。