该剧讲述了发生在抗日战争最为激烈的1941年，一群最为“草根”的普通民众的抗日传奇。在如此激烈 的大战进程中，它没有简单的描述战争的转折，而是关注战争中普通的人、普通的知识分子，他们的命运和情感选择以及在战争高压下的生存抗争。剧中人物皆为小知识分子、小贩及各类穷苦大众却演绎出一场惊心动魄的抗日英雄故事。
1940年春，中共地下党员、青年医生覃克源（黄觉饰）受重庆政府指派赴国民湖北省政府所在地恩施创办伤兵医院。到恩施后不久，国内形势急骤恶化，国共合作破裂。在接到组织“长期隐蔽”的命令之后，覃克源不顾个人安危，仍然只身坚持战斗。在对日特的一系列斗争中，覃克源处于日本特务、国民党反共势力、家族纷争、爱情纠葛等错综复杂的矛盾之中，彰显出一名共产主义战士高尚的人格魅力。这是一个洋溢着生命激情的男人，一名医术高超的优秀医务工作者，一位坚定的共产主义战士。在他的引导下，麦苏苏、田斯文等一批青年一步一步走上革命道路。
2002年一个举家团圆的中秋夜晚，肖兰兰、韩彩凤、张晓梅三家人聚集张晓梅自然清新的乡下老家在为五年前同一产房出生的三个孩子过生日。热闹喜庆的生日宴正要开始。在外玩耍的三个孩子，就象人间蒸发一样没了踪影。几个大人从喜悦祥和的气氛里遭受到了巨大打击，顿时陷入了灭顶之灾。孩子的集体失踪，给三个家庭带来了颠覆性的灾难。
喧嚣吵闹的都市一隅，不起眼的角落里，经营着一家从午夜十二点到次日七点营业的小饭馆，被人称作深夜食堂。食堂的菜单仅有大锅菜、啤酒和白酒三样，当然如果客人有什么需要，老板也会专门为他们烹制。食堂的老板（黄磊 饰）不苟言笑，却用一颗温暖真诚的心对待每一位走入食堂的客人。白天，都市男女或者光鲜亮丽，或者狼狈畏缩。到了夜晚，他们便逐一卸去一天的伪装，坐在食堂的角落里，吃喝谈笑，插科打诨，吐槽着坎坷的人生和不公的命运，满身是血双目含泪却仍憧憬未知但可能美好的未来。深夜食堂，是为每一个全力而行的人们喘息疗伤的绿岛…… 本片根据日本同名日剧翻拍而成。
还在母亲肚里的范无病就已遭遇劫难，家境贫困自幼受人欺压。七岁时就边读书边随舅舅练武。民国初年，军阀混乱，列强侵占，民不聊生，范无病决心考取功名为乡亲作主，并考到十二县联立学校第一名，但军阀走狗镇川武馆的人，屡屡加害范无病，幸得世外高人巴蜀真人的搭救，并收他为徒。密秘传授他高深武功……
