500年后

　　2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
　　本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。

　　An asteroid shower hits a space station, then lands in a remote section of the Grand Canyon. Mysterious pods form and soon mutate into creatures that threaten the space station and Earth.

在南极的冰层深处，一队地质学家发现了一个古老的纳粹实验室，它仍然完好无损，那里曾发生过黑暗实验。为了征服世界，纳粹创造了能够飞行的改良鲨鱼，它们的骑手是基因突变的不死超级人类。一个名为“死肉四人”（在越南阵亡的复活的美国士兵）的弥尔顿特遣部队被召集起来，以防止世界崩溃

由国王Terak和女巫Charal所带领的掠夺者军队袭击了伊渥克族人的村庄。Cindel的父母和兄弟全都死于这场袭击。Cindel与一个伊渥克族人Wicket逃了出来。在一片森林里，他们遇见了Teek这只非常淘气也非常敏捷的野兽。Teek把他们二人带来一位老人Noa的住处。而这位Noa有着与Cindel相似的经历——他乘坐的星际巡洋舰也坠毁在了恩多上。大家齐心合力对抗Terak和Charal。