一九四五年夏，日本法西斯面临彻底覆灭的命运，面对百万苏军压境，侵华日军垂死抵抗，企图使用生化武器来挽救自己的命运， 计划并实施“关东军特别防务演习”。 苏联红军远东八十八旅——抗联教导旅得到情报后，派出以外号“一个团”的抗联英雄焦土为队长，生化武器专家达妮娅、爆破专家黑子、神枪手宝日娜、译员沈若飞和报务员小不点儿等人组成的特别小分队，潜入中国边境，要在大反攻之前，捣毁日军的生化武器库。
2002年一个举家团圆的中秋夜晚，肖兰兰、韩彩凤、张晓梅三家人聚集张晓梅自然清新的乡下老家在为五年前同一产房出生的三个孩子过生日。热闹喜庆的生日宴正要开始。在外玩耍的三个孩子，就象人间蒸发一样没了踪影。几个大人从喜悦祥和的气氛里遭受到了巨大打击，顿时陷入了灭顶之灾。孩子的集体失踪，给三个家庭带来了颠覆性的灾难。
天才篮球运动员乔子俊在“美国华侨篮球友谊赛上”惊艳全场，但他却一心想要回国打球。另一边，裴晨冰满心期待子俊回国，可噩耗传来，新闻上播出了乔子俊遇害的消息。经过了休学一年的调整，裴晨冰渐渐抚平创伤，决定重回学校上学。楚逍放弃了常青藤名校布朗大学的入学资格，转学到了华阳大学，遇到了着急送外卖的裴晨冰，两人第一次相遇不欢而散。第二次相遇，裴晨冰送外卖到楚逍家，不小心把外卖洒了还被赶了出去。因为楚逍，裴晨冰被经理辞退，丢了送外卖的工作。而楚逍似乎也不太顺利，因为执意回国，银行卡都被母亲冻结，为了生活他只能答应和云扬合住。子俊墓碑前，楚逍和裴晨冰分别来祭拜他，两人回忆着与子俊的过往……
《惊情48小时》全剧四个不同类型的案件组成，分别拟了四个小片目，“红舞之夜”“黑色通道”“神人龙面”和“死亡游戏”。“红舞之夜”剧循着一个年逾三十的舞蹈演员因爱情、事业的挫折而走向绝境的行迹，揭示了一桩看似谋杀，实为自杀的充满悬疑的案件；“黑”剧则跟踪一条毒品走私和贩卖的线索，使形形色色的犯罪嫌疑人浮出水面，而真正的幕后元凶却令人始料不及。
