少年云飞扬（徐少强 饰）的身世扑朔迷离，尽管与武当派掌门青松（张瑛 饰）有着特殊的关系，但他在武当派的地位却非常低微。后来，云飞扬得到了一位神秘黑衣人的秘密武功传承。
　　青松与武林名将独孤无敌（杨泽霖 饰）多次交手，但都战败于对方手下，导致独孤无敌成为武林的霸主。与此同时，武当山上发生了一连串离奇的血案，都与云飞扬有关。最终，青松惨死，飞扬心情复杂，离开了武当山。当时，武林中流传着一种神奇的武功——天蚕诀，如果练者掌握不精，就会束缚自己，甚至丧失自身的武功。但如果能领悟其中的奥秘，并掌握变化之道，就可以将武功提升到化境，成为武林中地位最高的盟主。

　　明末崇祯年间，宦官曹化淳（刘一帆饰）权力势大，密谋篡位，弄得朝廷乌烟瘴气，时盗贼四起，民不聊生，国运日衰，崇祯（张瑛饰）对曹化淳却无可奈何，后在长平公主（米雪饰）策划下，与昭仁公主（余安安饰）共同邀得袁崇焕儿子——武林第一高手中原桃花剑袁若飞（姜大卫饰）合作诛曹。此间长平公主与袁若飞互为知己，彼此钟情，只因国仇家恨种种恩怨终只换来一声叹息。
　　曹患刚灭，李自成（麦天恩饰）又率起义军直逼京师，崇祯欲用长平公主远交近攻之策对付李自成。为应对清廷开出的皇族出使才能和谈的条件长平公主与周世显（刘松仁饰）假意成婚。周世显出使清廷，不料成功回来之日方知京城已被乱兵所破，崇祯自缢煤山。
　　崇祯临死前下罪己诏为袁崇焕洗去冤屈，袁若飞放下家仇与长平公主护送太子逃亡。期间为护太子中了曹化淳义子左云苓（莫少聪饰）蛇毒断去右臂，后更因兵器被换被捉到清廷，此时周世显找到长平，长平被周世显真情打动与之相认，二人为救袁若飞假意归顺清廷，并将内力赠与袁若飞后在成亲之日双双饮毒殉国。而袁若飞终成功护送太子突围并击杀左云苓。

　　明末崇祯年间，宦官曹化淳（刘一帆饰）权力势大，密谋篡位，弄得朝廷乌烟瘴气，时盗贼四起，民不聊生，国运日衰，崇祯（张瑛饰）对曹化淳却无可奈何，后在长平公主（米雪饰）策划下，与昭仁公主（余安安饰）共同邀得袁崇焕儿子——武林第一高手中原桃花剑袁若飞（姜大卫饰）合作诛曹。此间长平公主与袁若飞互为知己，彼此钟情，只因国仇家恨种种恩怨终只换来一声叹息。
　　曹患刚灭，李自成（麦天恩饰）又率起义军直逼京师，崇祯欲用长平公主远交近攻之策对付李自成。为应对清廷开出的皇族出使才能和谈的条件长平公主与周世显（刘松仁饰）假意成婚。周世显出使清廷，不料成功回来之日方知京城已被乱兵所破，崇祯自缢煤山。
　　崇祯临死前下罪己诏为袁崇焕洗去冤屈，袁若飞放下家仇与长平公主护送太子逃亡。期间为护太子中了曹化淳义子左云苓（莫少聪饰）蛇毒断去右臂，后更因兵器被换被捉到清廷，此时周世显找到长平，长平被周世显真情打动与之相认，二人为救袁若飞假意归顺清廷，并将内力赠与袁若飞后在成亲之日双双饮毒殉国。而袁若飞终成功护送太子突围并击杀左云苓。

　　宋末蒙古蒙哥大汗南下侵宋，途中遇到飞天炮阻击身受重伤。后法王虽偷得飞天炮，然蒙哥伤势加重，只得撤兵。返程中被忽必烈偷袭，逃入雪山。蒙哥感到命不久已，写下血书，传位尚年幼王子海都后自尽。大雪山中人马走散，飞天炮和血书失踪，海都逃出雪山后遇到受伤的法王，原来他受到中原三大高手的袭击，他们一起返回雪山找寻其它队伍但是雪山迷宫使他们放弃。与此同时三大高手也感无力进入雪山，将进雪山迷城的地图分成三份交各人保存。法王带着海都勉强到达师弟银枪法王处，将海都托付给师弟后毒发身亡。海都从此身负夺回帝位的重任。

　　云飞扬（顾冠忠饰）击毙独孤无敌后归隐，但江湖并未从此平静。白莲教、南宫世家两股势力遭到邪魔的控制，危害武林。
　　在少林疗伤的云飞扬为少林解困，大破不老神仙的“七刹琴音”后，旧伤未愈，有添加新伤，命不久矣，断然拒绝傅香君（余安安饰），香君无奈之下只好暂时忘却心爱之人，转而与安乐侯徐庭封（白彪饰）并肩作战。安乐侯徐庭封虽深得昆仑派真传，但需要分心于朝廷事务，帮助正德帝（万梓良饰）对付刘瑾、宁王等势力。
　　在陆丹（罗乐林饰）、小子（梁小龙饰）的帮助下，徐庭封为皇帝铲除异己。然而，天地人三尊不仅将江湖弄得乌烟瘴气，甚至将势力渗透进宫廷，威胁到皇帝的性命。云飞扬旧伤未愈，再次出手，传授小子武功，并将徐庭封的武功和天蚕功融合在一起，形成了天龙九式，因之后还有变化招式，故取名天龙诀。他与徐庭封等人对决白莲教，不幸惊见白莲教三尊手下“粉罗刹”竟然就是失去记忆的妹妹独孤凤（苗可秀饰），心烦意乱下，遭三尊暗算而死。徐庭封与小子联手，以“天龙九式”和“七刹琴音”击杀三尊。
　　傅香君与徐庭封在经历同甘共苦后渐生情愫。后来，香君终于接受了庭封的爱意，但他因遭皇帝猜忌，赐下毒酒，在爱人怀里猝然而逝；这经典的一幕，伴随“残梦”一曲，当时曾脍炙人口。

　　辉（张卫健）和健（吴刚）是在泰国长大的好友，辉热衷于赌术，健醉心打拳。两人因生活所迫，逃至香港，途中结识少女芳（关秀媚），芳对辉产生情愫。三人寄居健的姨妈家，表妹对健一见倾心。辉在赌王张啸天赌场做事，少爷张明（江欣燕），原来就是辉和健在泰国有一面之缘的梦中情人夏小雪，辉和健向明展开追求，卷入家族争斗中。辉被逼离开香港，从而成为广州赌王。倪俊杰（欧阳震华）为父报仇，设计害死张啸天。辉和健助明报仇，一场恶战即将展开。

　　宋末蒙古蒙哥大汗南下侵宋，途中遇到飞天炮阻击身受重伤。后法王虽偷得飞天炮，然蒙哥伤势加重，只得撤兵。返程中被忽必烈偷袭，逃入雪山。蒙哥感到命不久已，写下血书，传位尚年幼王子海都后自尽。大雪山中人马走散，飞天炮和血书失踪，海都逃出雪山后遇到受伤的法王，原来他受到中原三大高手的袭击，他们一起返回雪山找寻其它队伍但是雪山迷宫使他们放弃。与此同时三大高手也感无力进入雪山，将进雪山迷城的地图分成三份交各人保存。法王带着海都勉强到达师弟银枪法王处，将海都托付给师弟后毒发身亡。海都从此身负夺回帝位的重任。

　　故事讲述晋国诸侯献公育有三子申生，重耳与夷吾。申生好医术，对继承爵位之事并不着急，而夷吾（黄子扬 饰）不及重耳（黎明 饰）贤能，不惜出毒招重耳，以求得到世子之位，重耳为免兄弟间起干戈，毅然出国游历。重耳应邀出席诸侯大会，途中邂逅秦国怀嬴公主（罗慧娟 饰），情丝互结，可惜生逢乱世，未能成眷属。
　　献公驾崩后，奸妃骊姬（刘桂芳 饰）专政，力举其子奚齐为帝，为朝中大臣所不容，引起内乱。夷吾得秦穆公之势回国称帝。 夷吾登基后，仍担心重耳争位，故出尽办法对付重耳，并下令将怀赢下嫁其太子圉，令重耳大受刺激。重耳为避免夷吾加害，逃亡至赤狄国，备受重用，娶得季隗公主（郭秀云 饰）声势日隆。重耳获悉晋国法政大乱，遂率军大举回晋主持大局，受推举为帝，为晋文公。

　　从1993年开始TVB兴起了一股翻拍金庸剧的潮流，随之而来的是正剧之外的前传或外传类的杜撰金庸剧的轮番出场，射雕出了九阴真经，南帝北丐，中神通王重阳，倚天则出了这部金毛狮王和后来96年的武当张三丰。
　　金毛狮王一定程度上丰富了倚天中明教这条线的情节，谢逊和成昆如何从师徒变为仇敌，阳顶天和成昆怎么会从莫逆之交变成一对死敌，杨逍殷天正等人如何成为一代大侠，这些都是该剧吸引大家眼球的资本所在。
　　当然该剧的硬伤也不少，和其他“杜撰金庸剧”一样，部分情节捏造的有些与原著无法联系，但整体上对于喜欢金庸剧的朋友来说这还算是一道不错的小菜。

　　少年云飞扬（徐少强 饰）的身世扑朔迷离，尽管与武当派掌门青松（张瑛 饰）有着特殊的关系，但他在武当派的地位却非常低微。后来，云飞扬得到了一位神秘黑衣人的秘密武功传承。
　　青松与武林名将独孤无敌（杨泽霖 饰）多次交手，但都战败于对方手下，导致独孤无敌成为武林的霸主。与此同时，武当山上发生了一连串离奇的血案，都与云飞扬有关。最终，青松惨死，飞扬心情复杂，离开了武当山。当时，武林中流传着一种神奇的武功——天蚕诀，如果练者掌握不精，就会束缚自己，甚至丧失自身的武功。但如果能领悟其中的奥秘，并掌握变化之道，就可以将武功提升到化境，成为武林中地位最高的盟主。