何天心容貌清秀可人，个性叛逆，热心助人，活泼可爱，天不怕地不怕。从父亲所留之医书里学到粗浅的耆黄之术，在民间有『小华陀』之称号。为学正统宫廷医术，决心乔装成男医士，进宫习医。好打抱不平的个性让她结识了假太监张哲三和皇帝朱历，三人一同经历了镇南王叛变和汪公公的迫害，每每都凭自己过人的机智和高超的针灸医术度过难关。平时与张哲三打打闹闹，丝毫不查自己对张哲三的爱意，直到张哲三保护自己而遭砍伤，这才让天心发现，两人早在不知不觉间互相爱慕。被知晓女儿身身分后，皇上屡次为自己解危，但心系张哲三的天心，只能将皇上当成好兄弟，因为那独一无二的爱情，已经给了张哲三。但张哲三却因阴错阳差没当上护卫，而转为太监，但没想到执刀从未失手的净身员刘一刀，当天因为天心配错了药，而头昏眼花，竟然一刀落下刺中张哲三的大腿而非命根子。幸亏刘一刀一时失手，但张哲三从此也成了假太监～小三子。在陪同天心回乡替穷苦民众免费诊疗后，渐对这平时古灵精怪的天心改观，甚至产生好感，屡次不顾性命也要守护天心。因镇南王事件戴罪立功，哲三恢复男儿身，成为御前带刀侍卫，因某次救了游湖溺水的水灵公主，令水灵公主芳心暗许。在得知皇上对天心的爱慕之意，自觉身分配不起天心，便将自身感情隐藏心底，却不知这样若即若离的态度，同时牵动着天心和水灵公主。在得知天心为女儿身的身分后，故意加以隐瞒。天心过人的机智和勇气，不但替皇上拢络了宫中人心，也使皇上逐渐为她倾心。当皇上发现张哲三对天心有情时，不顾太后反对，执意要立天心为后，而三人之间的关系渐渐起了微妙的变化……另一方面，汪公公发现皇上与因有天心、张哲三相助，在朝中势力逐渐巩固，因此便与镇南王密谋伪造天文凶象，企图逼皇上退位。羽翼未丰的皇上，能顾全天心、张哲三，并拿回实权吗？

1928年，伪满洲国的日本翻译伊丹英彦（仲村亨）离开中国情人丁慧（章子怡）返回日本，数年后他再回中国来到上海时，变身高级特务。而此时丁慧已成为地下抗日组织的成员，并与该组织首领谢明（冯远征）相爱。抗日组织去火车站接从外地聘请的暗杀日本情报人员山本的杀手时，误认其为小职员司徒（刘烨），混乱中，丁慧杀死司徒女友依玲（李冰冰），司徒则被伊丹英彦抓获。 对一系列遭遇无比迷惑的司徒被释放后，发誓要为依玲报仇。丁慧与伊丹英彦重逢，成为两股势力互相设局要利用的重要棋子，她本人正为误杀无辜饱受内心折磨。某个日本会所举办的舞会上，伊丹英彦告诉丁慧山本与谢明均已死，丁慧震惊想刺杀伊丹英彦之际，司徒持枪闯进舞会。

　　石油国际会议即将在中国南岛市召开，会议的主要内容是亚布国的石油项目竞标。
　　受国家安全部门指令，反恐专家郑雨龙和公安局刑警大队长孔亮共同负责会议的安全防卫。孔亮和郑雨龙发现破坏会议的种种迹象，开始进行艰难而危险的追踪。随着调查的深入，一个庞大的国际恐怖组织浮出水面，真相似乎昭然若揭，孔亮却陷入到一个无形的圈套之中，与此同时，他的一切行动都被郑雨龙派人跟踪。曾被孔亮亲手抓获的犯罪分子疯子恰在这时越狱，潜回南岛寻找报仇时机……
　　庞丽难耐郑雨龙的冷落，不慎被小白脸诱惑而红杏出墙。证人被神秘的害死在她工作的病房。为保全丈夫的清白，庞丽愤然将小白脸杀死。但一切都为时已晚，国家机密已被她泄露，庞丽羞愧无言，割腕自杀。目睹妻子决然而死，郑雨龙痛悔自责，主动递交辞呈，千斤重担再次落在孔亮的肩上。孔亮临危受命，带领安全总部的同事开始了与时间、与对手的赛跑。在竞标会开幕的前一天，慈善计划进入倒记时。与杀手交战中，孔亮负伤，受到女友的百般疼爱，令人面红耳赤，瞠目结舌。女儿被网友吸引离家出走，苏琳的身份也突然像一团迷雾。随着不同的人物到来导致整个岛上，正与邪、保卫者与暗杀者展开了一场殊死博斗。