当年人类异想天开的创造出宇宙战士，到最後却集体叛变。毫无人性、感情的宇宙士中，鲁克是一个改造失败的例子，因为他残存的人性，使得他在第一集里，拯救了人类。 这次，鲁克凭着他的经验，成为改造宇宙战士计划的最佳指导。在鲁克的监督之下，第二代的宇宙战士设备更新颖、功能更强大。一旦他们失去控制，情况将无法收拾。不料，瑕疵再度出现，新一代的宇宙战士，再度失控，危害人类的存亡。於是鲁克再度出击，务必确保人类的生存。
国际缉毒组织通知我国，藏有大量毒品的“天狮”号货轮将在我国港口装货。与此同时，我公安部门获悉，有人要杀掉正准备入境的女华侨林育儿，而林育儿正是“天狮”号的船主。为了摸清情况，李政被派往澳门调查。在澳门警长周志方等的配合下，李政发现有两派黑社会势力对“天狮”号都感兴趣。原来，船上的毒品是天宏公司董事长简鹰良所藏。林育儿的父亲10年前被简杀害，为报杀父之仇，林育儿不惜重金收买，甚至以身相许，企图利用高约翰来达此目的，由此引起了一场大厮杀，结果两败俱伤，林育儿死里逃生。但她仍不甘心，继续跟踪“天狮”号到内地。此时，李政早已化装登船，并故意放林育儿上船。“天狮”号船上的李子龙，乃林育儿童年好友，后替简鹰良贩运毒品，成了简的看家狗。在澳门，简鹰良唯恐林、李旧情复萌，泄露贩毒计划，曾派人准备伺机干掉林育儿。林育儿试图通过李子龙弄清毒品的下落，并希望他反戈一击。然而，李子龙已认贼作父，旧情不能使他良心复苏，他拒绝了林育儿，并反过来欲加害于她。林育儿处于十分危险的境地。幸得李政暗中保护，才使她一次次脱险，并巧妙地得到了轮船秘密舱的图纸。李政看了图纸后，对“天狮”号进行了一次突击搜查，结果一无所获，李政带公安人员撤离了“天狮”号。林育儿邀李政在酒吧见面，正遇一酒吧小姐推一车牛肉从身旁经过，这使李政脑海里顿时闪现出“天狮”号船舱中那一堆鲜红的牛肉……快速驶向公海的“天狮”号上，李子龙正暗自庆幸，李政驾边防快艇冲向“天狮”号，强令其停船接受检查。冻牛肉被劈开，毒品暴露。贩毒分子作垂死挣扎，企图炸船消赃。一场激烈的枪战之后，李政和战友们终于将简鹰良、李子龙等擒获，押送澳门法庭受审。
清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是天地会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至善禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往天地会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了天地会总舵主，并追杀五个孩子……
这是吴镇宇首次执导的影片，导演企图通过片中人物的交流、命运来揭示环境变迁、社会进步给人带来的枷锁，呼吁人们相互之间彼此信任。烂头（吴镇宇 饰）是一名普通的香港警察，他的佩枪编号9413,似乎冥冥中就注定了他的悲剧命运。烂头现在的精神几近崩溃，已经丧失了全部记忆。他唯一的办法就去寻求心理医生的帮助，他一直想逃离自己现在的生活状态——肮脏、迷乱的世界，但是他又似乎永远都无法回到自己过去那个干净明亮的世界……
