影片讲述了由樊烨和张铭带领的一支营救分队，冒着外星生物的枪林弹雨，不断攻克难题，历经艰险，最终成功营救“方舟计划”外星武器研究科学家夏博士的故事。
风骤雨的夜晚，一架民航班行在雷电交加的风暴云团中的颠簸前行，机长忽然失去了和地面控制台的联系，自动导航系统失灵，他们不知道已经进入了俄罗斯的领空…… 在俄罗斯的地面控制中心，雷达发现了一架不明飞机正向国界飞来，但是警告信号却始终发送不出去，所有电波都受到了干扰。这时边界值勤巡逻的战斗机已经瞄准了误闯进来的飞机，导弹，无情的夺去了上几百条无辜的生命，无数的冤魂在黑海深处游荡…… 悲剧发生以后，美国五角大楼对此十分关注，派中情局特工前去调查此事，可是空难发生俄罗斯，怎样才能既不让俄国人发现，又能顺利完成任务呢？ 超级特工乔纳森，和他的老搭档，电脑高手阿尔费临危授命，来到了危机四伏的黑海小岛上，展开了……
清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是天地会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至善禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往天地会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了天地会总舵主，并追杀五个孩子……
