或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊…… 本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。
1999年，臭氧层即将毁灭殆尽之际，麦克罗设计了雷射罩将地球包裹起来取代了臭氧层，然而人们的生活从此受限，然而麦克罗的真正身分却是另一星球的叛军领袖，已经逐渐消逝的记忆，却在一偶然机会被唤起……
宇宙中最邪恶的物种都被一条神秘的消息吸引来到一座宁静的星球小镇：圣诞。博士和他的朋友们必须要破解出这条信息，因为博士的命运与整个宇宙的命运都握在其中。
